۱)فشار خون:
کافئین موجود در قهوه باعث می شود که آدرنالین از غده های فوق کلیه بیشتر ترشح شود که خود یکی از عواملی است که سبب افزایش فشار خون می شود.حتی اگر این افزایش خیلی جزئی هم باشد،کسانی که دچار پرفشاری خون هستند در برابر این تاثیر قهوه آسیب پذیرند.
۲) پوکی استخوان:
مصرف بالای قهوه باعث افزایش دفع کلسیم از ادرار می شود.این مشکل به خصوص در مورد کسانی که به اندازه کافی کلسیم دریافت نمی کنند اهمیت بیشتری پیدا می کند.
۳) خواب نامطلوب:
افراط در مصرف کافئین ممکن است تا حد چشمگیری سیستم عصبی مرکزی را تحریک کند.همچنین مقدار بالای کافئین تاثیرات منفی در به خواب رفتن و کیفیت خواب دارد.هر فردی باید متناسب با شرایط خواب خود ساعت نوشیدن قهوه را تنظیم کند اما به طور کلی توصیه می شود ۶-۴ ساعت قبل از به رختخواب رفتن قهوه نوشیده نشود.
۴) رفلاکس گوارشی:
قهوه تا حد بالایی می تواند عاملِ بازگشت اسیدمعده و سوزش معده در افراد مستعد این مشکل شود.زیرا قهوه به طور طبیعی اسیدی است . این اسید طبیعی حاوی آنتی اکسیدان های بسیار قوی می باشد که برای بدن بسیار مفیدند ولی سیستم گوارشی بسیاری از افراد نمی تواند این اسید قهوه را هضم کند و بعد نوشیدن آن سوزشی در بالای معده خود حس خواهند کرد که ممکن است تا بالای گلوی آنها حس شود.
۵) بارداری:
گر چه هنوز دلایل روشنی در رابطه با آسیب قهوه به جنین تایید نشده است اما توصیه می شود در مدت بارداری نوشیدن قهوه به ۲-۱ فنجان در روز کاهش یابد زیرا مصرف بیش از ۲۰۰ میلی گرم کافئین در روز ، در ماه های اول بارداری ، می تواند احتمال سقط جنین را افزایش دهد. طی مطالعات انجام شده کافئین از جفت عبور می کند و به جنین می رسد  در نتیجه به همه زنان باردار توصیه می شود در این دوره تا آنجا که ممکن است از مصرف نوشیدنی های کافئین دار اجتناب کنند. (با این حال اثر آن در کاهش رشد جنین هنوز اثبات نشده است) .همچنین خانم هایی که سقط های مکرر داشته و یا برای بارداری مشکلاتی دارند باید قهوه را به طور کامل کنار بگذارند.
۶)  کاهش جذب آهن:
نوشیدن قهوه به همراه غذا به خاطر وجود تانین (ترکیبات پیچیده طبیعی هستند که از نوعی مواد شیمیایی تشکیل شده اند و در پوست ،برگ و ریشه اکثر گیاهان از جمله چای،هلو،غلات،سیب وجود دارد.مزه گَس در بعضی میوه های نارس و چای به خاطر آن است) ، جذب آهن را کم می کند. افراد مبتلا به کم خونی باید قهوه را مانند چای یک ساعت قبل یا دو ساعت بعد از غذا بنوشند.